e-Fatura uygulamasından yararlanan mükellefler ile işletmelerin e-faturalarını kendi mali mühür sertifikaları ile onaylamaları veya nitelikli elektronik sertifikaları ile imzalamaları esastır. Ancak mükellefler, elektronik fatura gönderme ve alma işlemlerini teknik yeterliliğe sahip, Başkanlıktan özel entegrasyon izni almış mükelleflerin bilgi işlem sistemi vasıtasıyla da gerçekleştirebilirler. Özel entegrasyon izni alan mükelleflerin listesi www.efatura.gov.tr internet adresinden yayımlanacaktır.
Özel entegrasyon izni almak isteyen mükellefler özel entegrasyon talebini içeren bir dilekçe ve ekinde Özel Entegrasyon Bilgi İşlem Sistem Raporu (BİS) ile Başkanlığa başvuru yapacaklardır. Özel entegrasyon yapmak isteyen mükelleflerin www.efatura.gov.tr internet adresinde yayımlanan kılavuzlara uygun bilgi işlem altyapısını kurmaları zorunludur. Mükellefin, elektronik fatura gönderip alma işlemini özel entegrasyon izni alan mükelleflere ait bilgi işlem sistemi vasıtasıyla gerçekleştirmesi, muhafaza ve ibraz ödevlerini ortadan kaldırmaz. Elektronik fatura gönderip alma işleminde kullanılan bilgi işlem sistemi yazılım ve donanım alt yapısının Türkiye Cumhuriyeti sınırları içerisinde ve Türkiye Cumhuriyeti Kanunlarının geçerli olduğu yerlerde bulunması zorunludur. Vergi Usul Kanununun ilgili hükümlerine göre mükellefler, gerek düzenledikleri gerekse adlarına düzenlenen e-faturaları, yasal süreler dahilinde muhafaza ve istendiğinde ibraz etmekle yükümlüdürler.
Bilgi işlem sistemi yurt dışından yönetilen mükelleflerin elektronik fatura uygulamasından entegrasyon yöntemiyle yararlanma konusundaki durumları yapacakları başvuru üzerine Başkanlıkça değerlendirilerek elektronik fatura gönderip almalarına izin verilebilecektir.