e-Fatura, yeni bir belge türü olmayıp, kağıt fatura ile aynı hukuki niteliklere sahiptir.
Aynı mal veya hizmet satışı işleminde hem kağıt faturanın hem de elektronik faturanın bir arada düzenlenmesi mümkün değildir.
Mal satan ve alanın her ikisi de güncel olarak ilan edilen e-fatura.gov.tr de bulunuyorsa e-fatura düzenlemek zorunludur. Bu nedenle e-fatura keseceği mükellefin e-fatura gönderme ve alma izni olup olmadığını e-fatura.gov.tr den tespit etmek zorundadır. Arıza ve kesinti durumlarında kağıt ortamında fatura düzenleyebilmek için yeteri kadar basılı kağıt fatura bulundurmaları gerekmektedir.
Başkanlık, gerek görmesi halinde uygulamadan yararlanan mükelleflerin bilgi işlem sistemini denetleme yetkisine sahiptir. Bu denetimler sırasında mükellefler, gerekli her türlü imkanı (uygun donanım ve yazılımlar, terminallere ulaşım izinleri ve uzman personel gibi) sağlamak zorundadır.